Чарльз Бесси родился 21 мая 1845 года в семье Адны Бесси и Маргарет Элленбергер на территории округа Уэйн штата Огайо. Учился в различных школах Огайо, в 1866 году поступил в Мичиганский сельскохозяйственный колледж.
В ноябре 1869 года окончил его со степенью бакалавра.
С 1870 года работал в Сельскохозяйственном колледже в Эймсе (Айова).
В 1872 году получил степень магистра и стал профессором в Эймсе.
В 1874 году некоторое время преподавал в Калифорнийском университете в Беркли.
С 1875 года он несколько раз избирался президентом Айовской академии наук. Некоторое время он учился в Гарвардском университете с Эйсой Греем.
С 1873 года Чарльз Бесси был женат на Люси Этхерн. У них родились трое сыновей — Эдвард, Эрнст и Карл. Эрнст Этхерн Бесси (1877—1957) преподавал ботанику и микологию в Мичиганском сельскохозяйственном колледже.
В 1879 году Университет штата Айова присвоил Бесси степень доктора философии.
С 1880 по 1897 он работал главным редактором журнала American Naturalist, позднее — журнала Science.
С 1884 года Бесст работал профессором ботаники Небраскского университета.
В 1898 году Гриннелский колледж Айовы присвоил Бесси степень доктора права.Бесси был создателем новой системы классификации растений, получившей название системы Бессиruen.25 февраля 1915 года Чарльз Эдвин Бесси скончался.