Эдмунд Берглер родился в Коломые, в Галиции, бывшей тогда частью Австро-Венгерской империи, в еврейской семье аптекаря Александра Берглера и Эрнестины, урождённой Шапира.
В 1913 семья переехала в Вену.
В Первую мировую войну Эдмунд Берглер был призван на фронт. После демобилизации в 1917 г. изучал медицину в университете Вены, где специализировался в 1926 г. в качестве интерна, а с 1927 г. занялся частной практикой. Изучал психоанализ у Вильгельма Райха и Хелены Дейч в Венском институте психоаналитики.
В 1928 г. принимал участие в работе Социалистического общества консультаций по вопросам сексуальных отношений и сексуальных исследований (нем. „Sozialistische Gesellschaft fur Sexualberatung und Sexualforschung“), основанного Марией Фришхауф (урожд. Паппенхайм) и Вильгельмом Райхом в Вене.
С 1933 по 1935 работал в качестве ведущего специалиста в клинике Венского психоаналитического союза.
В 1929 году сочетался браком с Марианной Лейтнер-Блюмбергер (1897—1980), занимавшейся фотографией.После присоединения Австрии к Германии Э. Берглер с женой в ноябре 1938 г. эмигрировал во Францию, а затем в Нью-Йорк, где продолжил свою деятельность в качестве психиатра. Гражданство США получил в 1943 г.