Отец Бердника добрался по заснеженным дорогам до соседнего села, где находился сельсовет, только через месяц после рождения сына. Секретарь сельсовета, в свою очередь, сделал сразу две ошибки: датой рождения указал текущую, а годом — тот, который ещё не наступил.
Это привело к сохранившейся по сей день путанице с датой рождения писателя.Участник Великой Отечественной войны в 1943—1945 гг., рядовой. Был ранен.Окончил экстерном 7 классов средней школы, в 1949 г. — студию при театре им. И. Франко (Киев).
В 1949 г., во время кампании по борьбе с космополитизмом, выступил на открытом партийном собрании театра против того, что актёры оговаривают своих коллег, а пьесы классиков перекраиваются по указанию «сверху» . Арестован за «измену родине» , в 1950 осуждён по ст. 54-10 УК УССР на 10 лет лишения свободы. Наказание отбывал в Печорском, Воркутинском и Карагандинском лагерях.
В 1953 году пытался бежать, но был пойман, вновь осуждён ещё на десять лет и заключён в тюрьму закрытого типа. Помилован в 1955 году.Начал печататься в 1957 году. Писал главным образом в жанре фантастики, до 1972 г. вышло около 20 его фантастических романов и повестей. Соавтор сценария известного фантастического фильма «Мечте навстречу» . Член СП СССР с 1957 года.
В апреле 1972 года во время обыска на квартире Николая Руденко, где жил Бердник, сотрудники КГБ изъяли рукопись работы Ивана Дзюбы «Интернационализм или русификация» и две пишущие машинки. 28 апреля Бердник объявил голодовку с требованием вернуть изъятое, которая продолжалось 16 суток. Писатель добился встречи с первым секретарём ЦК КПУ П. Шелестом, который извинился, но заявил, что «партийные органы не могут вмешиваться в деятельность КГБ» . 14 мая Берднику вернули печатные машинки, но рекламу его выступлений ликвидировали, его произведения перестали публиковать.
С 1974 года Бердник добивался разрешения выехать из СССР.13 августа 1976 вышел приказ об изъятии книг Бердника из библиотек и книготорговой сети СССР. Тогда же он был исключен из СПУ. Работал декоратором-витражистом в объединении «Художник» .Осенью 1976 года участвовал вместе с Н. Руденко, О. Мешко, Л. Лукьяненко в создании «Украинской Хельсинкской группы» .6 марта 1979 года арестован «за антисоветскую агитацию и пропаганду» , на следствии признал свои «ошибки» . 17—21 декабря на выездном заседании Киевского областного суда признан особо опасным рецидивистом, осуждён на 6 лет лишения свободы в лагерях строгого режима и 3 года ссылки.
С 16 мая 1980 года содержался в лагере строгого режима, известном как Пермь-36.
С 7 сентября 1981 до 13 января 1982 гг. находился в СИЗО КГБ в Киеве на «профилактике» .
В феврале отказался выступить свидетелем по делу М. Горыня. 7 сентября 1982 г. вновь отправлен в зону строгого режима.Указом от 14 марта 1984 года был амнистирован. 17 апреля в газете «Литературная Украина» появилась «покаянная» статья Бердника «Возвращение домой» , где сказано, что «Хельсинское движение создано ЦРУ» , а Руденко и Лукьяненко, «обладай они настоящим мужеством, давнно сошли бы с пути антипатриотизма и добровольной самоизоляции» .
В 1989—1993 годах путешествовал в Индию и Тибет, ездил с лекциями в Канаду и США.
В конце жизни выступал с философскими произведениями, продолжающими традиции В. И. Вернадского. Выдвигал свою кандидатуру на Президентских выборах 1991 года на Украине.Последняя публичная встреча Бердника с читателями состоялась 1 декабря 1996 года.
В марте 1997 года писатель перенёс второй инсульт, в результате которого лишился речи и до конца жизни был прикован к постели.Похоронен, согласно завещанию, во дворе собственного сельского дома.