Павел Петрович Беньков родился в Казани 8 (20) декабря 1879 года в семье ремесленников (родители держали скорняжную мастерскую).
В 1895 году поступил в первый набор только что открывшейся в Казани художественной школы, которую окончил в 1901-м, в этом же году поступил в Высшее художественное училище при Императорской Академии художеств в Санкт-Петербурге.
С 1902-го был определен в мастерскую Д. Н. Кардовского, одновременно по собственной инициативе посещал занятия у И. Е. Репина. Во время учебы много путешествовал: на Урале в 1900-х изучал быт вогулов (устаревшее название угорского народа манси); как стипендиат Академии ездил во Францию, где брал уроки в частной школе Жюлиана (Akademie Julian) в Париже (1905), путешествовал по Италии (1906,1908), Испании (1908). Окончил Императорскую Академию художеств в Санкт-Петербурге в 1909 году, получив звание художника за конкурсную работу Покорность (не сохранилась).
В 1909 году вернулся в Казань преподавателем Казанской художественной школы «по вольному найму» (1909—1929 с перерывами); работал художником-декоратором Казанского городского театра (1913—1918); давал частные уроки живописи и рисунка, в частности, знаменитому впоследствии поэту-футуристу Велимиру Хлебникову и его сестре — художнице Вере Хлебниковой; с 1911 года неоднократно ездил в Италию, где его застало начало Первой мировой войны.
В Казанской художественной школе в 1910—1920-е годы Н. И. Фешин и П. П. Беньков были ведущими педагогами. По воспоминаниям многочисленных учеников, школа делилась на «фешинцев» и «беньковцев» . Среди учеников П. П. Бенькова называют Ф. Модорова, А. Коробкову, А. Самойловских, П. Сперанского и других.
В живописи казанского предреволюционного периода П. П. Беньков раскрылся как мастер лирического пейзажа и портрета. Предпочитал писать виды Волги, городские усадьбы и загородные дачи; модели для портретов находил в близкой для себя среде — в своей семье, среди учениц Казанской художественной школы, актрис, университетской профессуры.
В 1911—1916 участвовал в выставках в Казани, Санкт-Петербурге (Петрограде), Риме (Италия).Отношение к революции было неоднозначным: разруха и хаос побудили художника в 1919 году покинуть Казань и вместе с отступающими войсками адмирала А. В. Колчака уехать в Сибирь.
В 1919—1920 работал декоратором в театрах Иркутска и Омска.
В 1921 году вернулся в Казань, продолжил преподавание в Казанских высших государственных художественно-технических мастерских (Кахутемас) (бывшая Казанская художественная школа), возобновил сотрудничество с казанскими театрами — Русским драматическим (1924—1925) и Татарским академическим государственным театром (1926—1927).
В 1922 году вступил в АХРР (Ассоциация художников революционной России), в 1923-м — в ТАХРР (Татарская ассоциация художников революционной России). Исполнял заказы государственных учреждений, откликался на общественный запрос нового строя: портреты В. И. Ленина (1924, не сохранился), Л. Н. Толстого (1925()), писателя Г.Ибрагимова (1926) и др.
В 1922—1923 по путевке АХРР ездил на Урал.
В 1928 году впервые отправился в Бухару, в 1929—1930 состоялась вторая поездка в Среднюю Азию, во время которой посетил, кроме Бухары, Хиву и Самарканд.
В 1930 году окончательно переехал из Казани в Самарканд.
В 1931—1949 был одним из ведущих педагогов Самаркандского художественного училища, которое в 1936-м заняло первое место на Всесоюзном конкурсе художественных училищ СССР.
В 1932—1933 участвовал в создании Союза художников Узбекской ССР, в 1932—1938 был членом правления оргкомитета СХ Узбекской Республики, в 1938 году стал членом правления Союза художников Узбекистана.
В Самарканде в творчестве П. П. Бенькова большое место занимали композиции, сюжеты которых отражали традиционное течение жизни (базары, чайханы и т. д.), а также работы, посвященные новым реалиям советского Востока (труд женщин на фабриках и хлопковых полях, партийные съезды-курултаи и проч.). Художник, как и в казанский период, продолжал работать над портретами, но в наибольшей степени особенности творческой концепции П. П. Бенькова проявились в городских пейзажах с видами древних мечетей, хаузов, двориков с арыками. Композиционная стройность, структурность формы и натурное видение, заложенные русской академической и реалистической художественной школой, в работах Бенькова соединяются с приемами импрессионизма.Педагогическая деятельность П. П. Бенькова внесла огромный вклад в формирование профессионального изобразительного искусства Узбекистана. Среди учеников художника такие живописцы республики, как С. Ковалевская, переехавшая из Казани в Самарканд вслед за учителем, Л. Абдуллаев, А. Абдуллаев, Р. Ахмедов, Ю. Елизаров, А. Разыков, Р. Тимуров, А. Хайдаров и многие другие.П. П. Беньков умер в Самарканде 16 января 1949 года.
В том же году его именем была названа улица в Самарканде, на которой он жил, имя П. П. Бенькова присвоено Самаркандскому художественному училищу (в 1949-м оно было объединено с Ташкентским художественным техникумом и продолжило деятельность как Республиканское художественное училище имени П. П. Бенькова до 1991 года, когда имя художника из названия убрали).Произведения П. П. Бенькова хранятся в музеях Москвы (Государственная Третьяковская галерея, Государственный музей искусства народов Востока, Государственный музей современной истории России), Казани (Государственный музей изобразительных искусств Республики Татарстан, Национальный музей Республики Татарстан), Ташкента (Государственный музей искусств Узбекистана), Самарканда (Самаркандский государственный историко-архитектурный и художественный музей-заповедник), Бухары (Бухарский государственный архитектурно-художественный музей-заповедник), Нукуса (Государственный музей искусств Республики Каракалпакстан им. И. В. Савицкого) и других городов, а также в частных коллекциях России, Узбекистана и ряда европейских стран.