Родилась в сефардской еврейской семье в Стамбуле, где получила образование в Американском колледже для девушек, а затем продолжила учёбу в США, на философском факультете университета Брандейса (Уолтем, штат Массачусетс).
В 27 лет, получив диплом доктора философии в Йельском университете, Бенхабиб вернулась в Европу и более пятнадцати лет жила в Германии, где вела активную научную деятельность в русле последователей «Франкфуртской» философской школы.
В 1991 году была приглашена на работу в Нью-Йорк, в новую школу социологических исследований — независимое научное учреждение, близкое к Колумбийскому Университету.
В 1993 году перешла на должность профессора в Гарвардский университет, являясь одновременно старшим научным сотрудником Гарвардского Центра европейских исследований.
С 2000 году Сейла Бенхабиб — профессор политологии и философии в Йельском университете.
В настоящее время ведёт курсы политической философии университетах Амстердама и Вены. Также работает в редакционном консультативном совете по Этике & Международным отношениям. Сейла Бенхабиб является активным участником феминистского движения.