Родился 13 августа 1914 года в Дрездене в семье директора школы. По окончании в 1934 году Дрезденской технической высшей школы поступил во Фрайбургский университет.
В 1936 году перешёл в Йенский университет. Посещал лекции Фридриха Тоблера, Отто Реннера, Теодора Герцога.
С 1941 года Бенедикс был членом Германского микологического общества.Диссертация Бенедикса была посвящена видам рода Cololejeunea из Индомалайской зоны, написана в 1947 году, издана в 1953 году.
В ней Эрих Хайнц выделил 14 новых видов рода.После защиты диссертации Бенедикс стал изучать микологию, в основном — систематику аскомицетов. Преподавал в Технической высшей школе Дрездена, затем работал научным сотрудником Института исследований сельскохозяйственных культур в Гатерслебене.
В 1957—1963 годах он был одним из главных редакторов микологического журнала Zeitschrift fur Pilzkunde.Скончался Эрих Хайнц Бенедикс 11 марта 1983 года.Гербарные образцы мхов, собранные Бенедиксом, хранятся в Йенском университете, образцы грибов — в Мюнхенском ботаническом саду.