Родился 3 (15) октября 1823 года в семье профессора Московского университета Николая Андреевича Бекетова.
В 1844 году окончил медицинский факультет Московского университета. Работал хирургом в университетской клинике, успешно проводил операции при камнях мочевого пузыря, грыжах, катаракте.
В 1848 году получил учёную степень доктора медицины, защитив диссертацию по теме «Паховые грыжи» («De hernia ingninale» ).
С 1848 года — профессор кафедры хирургии в Казанском университете, которую возглавлял с 1860 до начала 1880-х годов .