Эдмунд Гилберт Бейкер родился в 8 февраля 1864 года в Сирскеruen.
Он был сыном ботаника Джона Гилберта Бейкера (1834—1920). Бейкер получил образование в фармацевтическом колледже Лондона. Был сотрудником Британского музея сначала как ассистент, затем как смотритель. Во время экспедиции Волластона в Нидерландскую Новую Гвинею (1912—1913) Бейкер публиковал данные по ботанике. Умер в 1949 году.