Родился Эрнест Бэбкок 10 июля 1877 года в Эджертоне.
В 1906 году окончил Калифорнийский университет в Сан-Франциско и остался там же после окончания университета.
С 1907 по 1947 год работал в Калифорнийском университете, при этом с 1913 года Эрнест Бэбкок дослужился до должности профессора, одновременно с этим с 1925 по 1937 год работал в институте Карнеги в Вашингтоне.Скончался 8 декабря 1954 года.