После окончания в 1980 году Московского архитектурного института работал в проектных организациях.
В 1994 году создал архитектурную мастерскую ООО «Алексей Бавыкин и партнёры» , является её главным архитектором.
С 1999 года — советник РААСН.
С 2000 года — вице-президент Союза архитекторов России, советник президента САР; возглавляет Совет по образованию САР.
С 2009 года является профессором МАРХИ.
В 2002—2012 годах работал референтом в Архитектурном совете Москвы под руководством А. В. Кузьмина.
С 23 сентября 2014 года возглавляет мастерскую № 5 ОАО «Моспроект» .Входит в состав жюри архитектурных смотров и конкурсов.СемьяДочь — Наталия Алексеевна Бавыкина.