Окончил Кубанский сельскохозяйственный институт (1972). Работал в Новокубанском районном комитете ВЛКСМ, затем в 1975—1982 гг. в аппарате ЦК ВЛКСМ. Получив в 1982 году степень кандидата экономических наук (диссертация «Совершенствование условий и содержания труда при переводе животноводства на индустриальную основу» ), Баутин возглавил Управление кадров ВАСХНИЛ, в 1985 г. перешёл на работу во Всесоюзный НИИ информации и технико-экономических исследований агропромышленного комплекса, где заведовал научным отделом, был учёным секретарём, заместителем директора института по науке.
В 1988—1998 гг. Баутин возглавлял Российский научно-исследовательский институт информации и технико-экономических исследований по инженерно-техническому обеспечению АПК (Росинформагротех).
В 1992 г. им защищена докторская диссертация «Социально-экономические основы повышения эффективности информационного обеспечения АПК (на примере инженерно-технической службы)» .
В 1996 г. Баутин занял кафедру информационно-консультационного обеспечения сельского хозяйства в Российской инженерной академии менеджмента и агробизнеса.
В 1998—2002 гг. Баутин — руководитель Департамента науки и технического прогресса Министерства сельского хозяйства Российской Федерации.
В 2002—2013 гг. — ректор Российского Государственного аграрного университета — МСХА им. К. А. Тимирязева, с 2013 года — президент РГАУ-МСХА.