Иоганн Кристиан Готтлоб Баумгартен родился в городе Луккау 7 апреля 1756 года.
В 1784 году Баумгартен поступил в Медико-хирургический колледж в Дрездене, а в 1785 году в Лейпцигский университет.Во время серии поездок по Трансильвании он приобрёл обширный ботанический материал.
В 1816 году была опубликована его работа Enumeratio stirpium in magno principatu Transilvaniae praeprimis indigenarum.Иоганн Кристиан Готтлоб Баумгартен умер 19 декабря 1843 года в возрасте 87 лет. Иоганн Кристиан Готтлоб Баумгартен специализировался на папоротниковидных и на семенных растениях.