Происходил из дворянского рода Баумгартен, сын генерала Е. К. Баумгартена.
В 1884 году окончил полный курс 1-го кадетского корпуса.
В 1891 году окончил Императорскую Академию Художеств.Возглавлял строительное бюро «Е. Е. Баумгартен и А. М. Гусев» .Член Общества архитекторов-художников, с 1904 года — член правления, с 1912 года — член редакционной комиссии Ежегодника общества архитекторов-художников.