На родине Баттисти обвиняется в причастности к ряду убийств, совершённых в конце 70-х годов, он приговорён заочно к пожизненному заключению. Сам он оставил экстремистскую деятельность после убийства Альдо Моро в 1978 году (хотя его организация и ранее осуждала «Красные бригады» за иерархичную и централистскую организацию). Затем он бежал во Францию, воспользовавшись так называемой «доктриной Миттерана» . Некоторое время прожил в Оахаке в Мексике, где по совету Пако Игнасио Тайбо II начал писать.18 марта 2007 года бразильские и французские полицейские арестовали Баттисти в Рио-де-Жанейро, однако впоследствии министерство юстиции Бразилии предоставило ему статус политического беженца. 18 ноября 2009 года Верховный суд Бразилии отменил этот статус принял решение экстрадировать Чезаре Баттисти в Италию. Президент Лула да Сильва отказал итальянским властям в экстрадиции Баттисти в свой последний день на посту президента 31 декабря 2010 года. Баттисти был освобождён 9 июня 2011 года.4 октября 2017 года задержан бразильской дорожной полицией недалеко от границы с Боливией по подозрению в намерении покинуть Бразилию, имея при себе наличные на сумму, намного превышающую лимит в 10 тыс. реалов, разрешённый для перемещения через границу. 11 октября президент Бразилии Темер отозвал статус беженца, ранее предоставленный Баттисти.
В литературе Баттисти известен как автор детективной прозы.