Родился в 1921 году в селе Догой (ныне в Могойтуйском районе Агинского Бурятского округа Забайкальского края) в семье скотовода. Окончил Зугалайскую семилетнюю школу.
В 1936 году поступил в Улан-Удэнский театрально-музыкальный техникум. После окончания техникума работал актёром Бурятского драматического театра. Начав литературную деятельность, написал несколько одноактных пьес.После начала Великой Отечественной войны был призван в армию.
В 1941 году окончил Новосибирскую краткосрочную лётную школу. Служил пилотом тяжёлого бомбардировщика дальней авиации.После войны с 1945 по 1952 год работал в газете «Бурят-Монголой унэн» , редактором литературной редакции в радиокомитете, художником-оформителем в Агинском Бурятском национальном округе.
В 1945 году издаётся поэма-улигер Батожабая «Юный богатырь Сэнгэ и его друг Сунды Мэргэн» , а затем пьеса «Плоды победы» . За ней последовали пьесы: «Малшад» («Скотоводы» , 1948), «Дагбын алдуу» («Ошибка Дагбы» , 1949), «Агроном болохоб» («Буду агрономом» , 1952), «Шбэри» («Выигрыш» , 1952).
В 1952 году Батожабай поступает в Литературный институт им. А. М. Горького. Начинает писать рассказы.
В 1954 году публикует на русском языке эпическую поэму «Мудрый Сэнгэ» , пишет пьесу «Шобдог» , многоактные пьесы «Огни на реке» и «Ход конём» .
В Москве издаются: «Бесхвостый черт» (1954) и «Невскрытые конверты» (1958). Пьеса «Огни на реке» и комедия «Ход конём» были поставлены на сцене Бурятского драматического театра.
В 1955 году Батожабай пишет свою первую повесть «Песня табунщика» .
В 1957 году по повести была снята кинокартина «Песня табунщика» . Сценарий фильма написали Батожабай, К. Б. Минц и Е. М. Помещиков.
В 1960 году снимается художественный фильм «Золотой дом» по сценарию Батожабая, В. И. Ежова и Г. Ц. Цыдынжапова.
С 1959 по 1965 год работает над трилогией «Похищенное счастье» .
В 1962 году издаётся «Где же ты, моя судьба» (Улан-Удэ), в 1970-е годы писатель работает над романом «Горные орлы» (Москва, 1978).