Елена Баснер родилась 16 июня 1956 года в Ярославле в семье композитора Вениамина Ефимовича Баснера и Нины Ефимовны Баснер.
В 1978 году окончила факультет теории и истории искусства Ленинградского института живописи, скульптуры и архитектуры.
В 1978—2003 годах работала в Государственном Русском музее; была научным сотрудником отдела живописи второй половины XIX—XXI веков. Куратор многих выставок, в том числе: «Казимир Малевич» (1988), «Давид Бурлюк» (1995), «Казимир Малевич в Русском музее» (2000), «Русский футуризм» (2000), «Наталия Гончарова. Годы в России» (2002).
В 1999 году защитила диссертацию на соискание ученой степени кандидата искусствоведения по теме «Живопись К. С. Малевича позднего периода. Феномен реконструкции художником своего творческого пути» . Именно Баснер, развив идею американской исследовательницы Шарлотты Дуглас о необходимости пересмотра системы авторских датировок, расшифровала предпринятую Малевичем мистификацию, обосновала и закрепила убедительную реальную хронологию.
С 2004 по 2007 год — научный сотрудник Государственного музея истории Санкт-Петербурга. Один из авторов концепции и создатель Музея петроградского авангарда («Дом Матюшина» , филиал Государственного музея истории Санкт-Петербурга).
С 2006 года по настоящее время — эксперт аукционного дома Bukowskis.
Карта сайта
