Родился в 1826 году в Стамбуле. Старший из четырёх сыновей архитектора Карапета Бальяна и его жены Назени Бабаян. Братья Саркис, Акоп и Симон также были архитекторами. Никогос и Саркис вместе обучались в парижском художественном лицее, но из-за болезни Никогоса вынуждены были вернуться в Стамбул. Здесь Никогос занялся собственными проектами, помогал отцу и брату, а также открыл школу архитекторов, в которой обучал техникам западной архитектуры.Никогос умер в Стамбуле в возрасте 32 лет от брюшного тифа. Сын Никогоса, Левон, продолжил дело отца.