Родился 17 февраля 1958 года в Жданове (ныне Донецкая область, Украина). Воспитанник мариупольской детской команды «Азовсталь» и харьковского спортинтерната. Выступая за киевское «Динамо» , по четыре раза выигрывал чемпионат СССР и кубок СССР. Сергей Балтача также выигрывал Кубок обладателей Кубков УЕФА (1986).За сборную СССР провел 45 матчей, забил 2 гола. Сыграл 2 матча за олимпийскую сборную СССР. Также за сборную СССР сыграл в одном неофициальном матче (СССР — Звёзды мира — 3: 3, 28 июня 1989), в котором забил гол.
В конце 1988 года, одним из первых советских футболистов уехал играть в Великобританию. Двадцать тысяч фунтов стерлингов за него заплатил английский футбольный клуб «Ипсвич Таун» .
В январе 1989 дебютировал за новый клуб в домашнем матче против «Суонси Сити» и помог выиграть команде со счетом 5: 1.
В 1989—1990 годах провел 8 игр за «Ипсвич Таун» , из них только 3 в основе.
В июле 1990 бесплатно достался шотландскому футбольному клубу «Сент-Джонстон» , за который успешно играл 3 сезона.
В 1993—1994 играл за «Инвернесс Каледониан Тисл» .
В последнем выступал и как играющий тренер.Затем работал на Украине ассистентом главного тренера клуба «ЦСКА-Борисфен» в 1995—1998 годах. После возвращения в Шотландию работал ассистентом главного тренера в «Сент-Миррене» (1998—1999), тренером Шотландской футбольной ассоциации (1999—2001).
С 2001 года — тренер юношеской академии клуба «Чарльтон Атлетик» , Англия. Определенный период времени работал в «Челси» , а в 2012 году вновь вернулся в «Чарльтон Атлетик» .