Карло Балабио родился 14 апреля 1759 года в богатой семье банкира Адама Балабио. Балабио учился в колледже Монцы и изучал право в университете Павии, получил высшее юридическое образование.
До поступления на военную службу он был адвокатом и занимался торговлей. После французского вторжения в 1796 году он ушёл в итальянскую армию и был назначен командиром одного из конных отрядов. Менее чем за четыре месяца он был повышен до капитана.
К началу Войны Второй коалиции он был офицером Цизальпинской республики. Во время итальянской кампании Балабио также исполнял обязанности адъютанта генералов Моро и Жубера.
В битве при Нови ему временно пришлось возглавить армию убитого Жубера. Балабио хорошо проявил себя во время осады Генуи и был повышен до звания полковника.
С 1803 года Балабио служил в итальянской дивизии генерала Пино, с 1805 года командовал 2-м гусарским полком.
Он принимал участие в битве под Ульмом. После этого сражения Балабио вернулся на родину.
В 1806 году он участвовал в захвате Неаполя и был возведён в бригадные генералы. Затем Балабио был переведён в Испанию, где участвовал в Пиренейских войнах.
В 1809 году Балабио возвращается домой.
В 1811 году он был назначен генерал-инспектором кавалерии и занимался её реформированием.
В 1815 году Балабио вышел в отставку.Балабио был женат на Терезе Берра. Их дочь Мария была выдана замуж за русского генерала Данила Андреевича Бойко.Карло Балабио скончался 8 августа 1838 года.