Скотт Стюарт Бакула (Scott Stewart Bakula) родился 9 октября 1954 года в Сент-Луисе, штат Миссури, в семье Салли (Sally) и выходца из Богемии адвоката Стюарта Бакулы (Stewart J. Bakula). По отцу у Скотта хорватские корни. Во время учёбы в школе Скотт увлекся спортом, играл в футбол и теннис. Скотт — старший сын в семье, у него есть младший брат Брэд и сестра Линда. Закончив в 1973-м году школу Кирквуд в Сент-Луисе, Скотт поступил в Канзасский университет, чтобы пойти по стопам отца и стать адвокатом по деловому праву, но уже вскоре он обучался актёрскому мастерству и через три года перебрался в Нью-Йорк, чтобы начать свою карьеру в музыкальном театре. Если родители и удивились неожиданному повороту судьбы их наследника, то совершенно напрасно, потому что сами же его и приучили к музыке.
В четвёртом классе Скотт играл в рок-группе, а после пел в Консерватории Сент-Луиса.