Михаил Бакалейников родился в 1890 году в Москве, там же родились его родные братья Константин, Николай и Владимир, также известные музыкальные деятели.
В 1914 году дирижирует оркестром во время премьерной постановки спектакля «Сакунтала» в московском Камерном театре под руководством Александра Таирова. Михаил эмигрировал из СССР в 1926 году.
В 1931 году он прибыл в Голливуд и стал работать в музыкальном департаменте Columbia Studios.После кончины, последовавшей в 1960 году, оставил вдовой супругу Ивон-Мэри (Yvonne Marie Bakaleinikoff, урождённая Wilson), двух дочерей — Викторию Читуни (Victoria Chituni) и Энни (Annie Bakaleinikoff), а также двух сыновей — Тони и Уильяма.