Окончил Казахский национальный технический университет (1971).
В 1980—1989 — заведующий лабораторией Института математики и механики.
В 1989—1991 проводил научно-исследовательскую работу в Дрезденском техническом университете, в 1996 году — в Мидлсекском университете (Англия).
В 1991—1997 годах — заведующий лабораторией, заместитель директора Института механики и машиноведения.
С 1997 года директор этого института. Основные научные труды посвящены теории механизмов и машин. Байгунчеков открыл цифровой метод анализа и суммирования механизмов высоких классов.
В результате были созданы новые грузоподъемные и манипуляционные устройства. Лауреат премии Ленинского комсомола (1980), награждён золотой медалью Международного и Российского союза инженеров им. В. Г. Шухова (1992).