Получил образование в Базельском, Геттингенском и Берлинском университетах.Был профессором римского права в Базеле и членом базельского апелляционного суда. Стал известен благодаря своим трудам о происхождении семьи. Занимаясь исследованием остатков доисторического быта у италийских народов, он открыл в сабинских мифах и древнеримских сказаниях следы материнского господства (матриархата).И. Бахофен выдвинул в работе «Теория материнского права» следующие положения: у людей первоначально существовали ничем не ограниченные половые отношения, которые он обозначает термином гетеризм;такие отношения исключают всякую возможность достоверно установить отца, и поэтому происхождение можно было определять лишь по женской линии — согласно материнскому праву, — как первоначально это и было у всех народов древности;вследствие этого женщины как матери, как единственные достоверно известные родители молодого поколения пользовались высокой степенью уважения и почета, доходившей до полного господства женщин (гинекократии);переход к единобрачию, при котором женщина принадлежала исключительно одному мужчине, таил в себе нарушение древнейшей религиозной заповеди (то есть фактически нарушение исконного права остальных мужчин на эту женщину), нарушение, которое требовало искупления или допускалось при условии выкупа, состоявшего в том, что женщина в течение определенного времени должна была отдаваться посторонним.По характеристике этнолога А.Н. Максимова, данной в начале XX в., «Книга Бахофена в момент её появления мало обратила на себя внимания, да и до сих пор даже многие специалисты предпочитают знакомиться с нею из вторых рук. Написана она чрезвычайно тяжело, в общих научных взглядах автора чувствуется какое-то влечение к мистике и символике, следить за его аргументацией чрезвычайно трудно, и, наконец, главный материал, положенный в основу его выводов, – древние мифы, которые он анализирует очень детально, но не всегда достаточно научно» .