По окончании в 1988 году Плодоовощного института им. И. В. Мичурина (ныне Мичуринский государственный аграрный университет) Вадим Анатольевич принят на должность ассистента на кафедру технологии промышленного животноводства.
В сентябре того же года структурное подразделение было переименовано в кафедру частной зоотехнии.
В 1997 году защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата сельскохозяйственных наук. Тема диссертации «Сравнительная характеристика экстерьерных, интерьерных и продуктивных особенностей исходных пород формирующегося молочного типа палево-пестрого скота Центрально-черноземной зоны России» ).
В 2001—2004 годах занимал должность старшего преподавателя кафедры частной зоотехнии.
В 2002 году ему было присвоено ученое звание доцента.
В марте 2004 года был назначен исполняющим обязанности директора Технологического института Мичуринского ГАУ, а уже в июне 2004 года был избран директором Технологического института.
В 2009 году был назначен проректором по учебно-воспитательной работе Мичуринского ГАУ.
В 2010 году защитил диссертацию на соискание ученой степени доктора сельскохозяйственных наук. Тема диссертации «Повышение продуктивных качеств свиней на основе оптимизации вариантов скрещивания и уровня кормления» .
В 2010 году ему было присвоено ученое звание профессора по кафедре технологии переработки продукции животноводства и продуктов питания.
В апреле 2014 года занимал должность исполняющего обязанности ректора Мичуринского ГАУ.
В декабре 2014 года был избран ректором Мичуринского государственного аграрного университета.
В начале мая 2017 года глава администрации Тамбовской области Александр Никитин вручил ректору Мичуринского ГАУ Вадиму Бабушкину нагрудный знак «За трудовые достижения» , который является поощрением за выдающиеся заслуги в сферах науки, образования, экономики, культуры, искусства, охраны здоровья, жизни, прав граждан, благотворительной деятельности, охраны законности и правопорядка и в иных направлениях деятельности.Губернатор отметил большой вклад ректора Мичуринского агроуниверситета в подготовку квалифицированных специалистов для агропромышленного комплекса области и многолетний добросовестный труд. «Ваши коллеги и ученики знают и ценят Вас как настоящего профессионала, талантливого ученого, грамотного организатора и руководителя. За Вашими успехами стоит упорный каждодневный труд, целеустремленность, умение видеть в людях их лучшие качества и потенциальные возможности, что всегда было и остается прочным фундаментом авторитета» , - подчеркнул глава администрации в своем поздравлении.Женат, имеет дочь, сына и внучку.