В 1982 году окончил гимназию в Гольцминден.
С 1982 по 1988 год изучал в Геттингенском университете историю и философию.
В 1988 году получил степень магистра с работой о политической юстиции в последние годы Российской империи.Впоследствии Баберовски работал на должности научного сотрудника в семинаре Восточноевропейской истории Франкфуртского университета. Здесь зимой 1993 года он защитил докторскую диссертацию на тему «Автократия и юстиция» .
С весны 1993 года работает в Тюбингенском университете в Институте восточноевропейской истории, где в июне 2000 года защищает габилитационную диссертацию «В поисках однозначности» о сталинизме на Кавказе (Auf der Suche nach Eindeutigkeit).
На основе этой диссертации публикует книгу «Враг везде. Сталинизм на Кавказе» (Der Feind ist uberall. Stalinismus im Kaukasus).
В качестве исследователя работал с документами хранящимися в архивах Азербайджана, Финляндии и России.
С апреля 2001 Баберовски получил временное место профессора восточноевропейской истории Лейпцигского университета.
С октября 2002 года он профессор кафедры восточноевропейской истории Института исторических исследований при Гумбольдтском университете Берлина, с 2004 года до февраля 2006 года параллельно был директором этого института.
Карта сайта
