Василий Алексеевич родился 21 (9) апреля 1877 года в городе Волчанске, Харьковской губернии, в семье мастера по изготовлению мебели и кухарки у местного мелкого помещика — Фёдора Петровича Попова.Ранние годыВ раннем детстве начала работать посыльным у помещика, где также работала его мать, дружил с помещичьими детьми.
В 1890-м году поступил в трёхклассную школу, где получил начальное образование.Послушавшись совета помещика, Василий поступает в, только что организованную, Педагогическую семинарию, вместе с его на земскую стипендию, где учится следующие 6 лет. Пока обучался, Бабенко собирал свою библиотеку из таких журналов как «Нива» , «Вокруг света» и других, газетных заметок; а также собирал коллекции насекомых и гермарии.
В этот период он начинает изучение истории родного края.СтановлениеВ 1897 году Василий получает диплом народного учителя и работу в земской школе с. Верхний Салтов. Сразу же после окончания учёбы он организует историко-краеведческий музей, куда поместил свою коллекцию, собранную за время учебы. Пополнял этот музей также Василий Алексеевич различными предметами быта и старинными предметами, вышедшими из употребления, найденные в округе. Ему помогали и местные жители, которые приносили свои или найденные предметы старины.Продолжая своё образование он окончил Высшие учительские курсы в Харькове, где он прошёл специализированный курс истории и этнографии.
В 1900 году учитель сельской школы В. А. Бабенко, расчищая вместе с крестьянином Капиносом размытый водой склон одного из здешних оврагов, обнаружил довольно хорошо сохранившееся древнее катакомбное захоронение. О своей находке Бабенко сообщил в Харьковский университет.
На место сразу же были командированы начинающие археологи М. Е. Воронец и П. П. Ефименко (впоследствии — академик АН УССР). Со следующего года и до начала Первой мировой войны В. А. Бабенко сначала с учёными, а затем самостоятельно вёл раскопки могильника и расположенного рядом городища.
Он же дал первое описание городища и крепости.Многие видные исследователи считали за честь принимать участие в раскопках Верхне-Салтовского памятника. Среди них председатель Московского археологического общества графиня П. С. Уварова, известные учёные-историки Н. Е. Макаренко и А. С. Федоровский. За период с 1902 по 1915 г. в окрестностях Верхнего Салтова было исследовано 343 катакомбных захоронения, 3 погребения в ямах и 7 конских могил. Вещи из катакомбных захоронений данного памятника пополнили археологические коллекции ведущих музеев дореволюционной России — Москвы, Санкт-Петербурга, Хельсинки, Одессы. Обнаруженный материал был настолько богатым, оригинальным и разнообразным, что сразу же встал вопрос, какому из известных народов раннего Средневековья он принадлежит.Первооткрыватель памятника В. А. Бабенко считал, что крепость и расположенный рядом могильник принадлежали хазарам, о чём говорится в его статье «Памятники хазарской культуры на юге России» .