Родился Владимир Николаевич Бабаев 10 января 1952 г. в г. Харькове. Отец — Николай Антонович Бабаев, работал слесарем-электросварщиком на Харьковском электромеханическом заводе. Мать — Александра Тихоновна Бабаева (Самойлова), работала галтовщицей на Харьковском велосипедном заводе имени Г. И. Петровского.Во время учёбы в общеобразовательной школе № 72 г. Харькова увлёкся футболом, которым вскоре начал заниматься профессионально.
В 1960 г. вошёл в состав футбольной команды, с 15 лет играл в составе юношеской сборной УССР, а затем — в командах мастеров «Торпедо» ХТЗ и «Металлист» Харьков.1970—1975 гг. — студент факультета Промышленного и гражданского строительства Харьковского инженерно-строительного института.1975 г. — мастер смены формовочного цеха № 2 Домостроительного комбината № 1 комбината «Харьковжилстрой» .1975—1976 гг. — исполняющий обязанности заместителя начальника формовочного цеха Домостроительного комбината № 1 комбината «Харьковжилстрой» .1976—1978 гг. — служба в рядах Советской Армии.1978—1981 гг. — начальник формовочного цеха № 1 Домостроительного комбината № 1 комбината «Харьковжилстрой» .1981—1984 гг. — главный инженер завода «Стройдеталь» Домостроительного комбината № 1 комбината «Харьковжилстрой» .1984 г. (январь — октябрь) — главный инженер строительного управления «Машстрой-1» треста «Промстрой-2» .1984—1986 гг. — инструктор отдела строительства и городского хозяйства Харьковского городского комитета Коммунистической партии Украины (КПУ).1986—1988 гг. — заведующий отделом строительства и городского хозяйства Харьковского горкома КПУ.1988—1989 гг. — заместитель заведующего социально-экономического отдела Харьковского горкома КПУ.1989—1990 гг. — инструктор Харьковского областного комитета КПУ.
В 1986 г. и 1990 г. избирался депутатом Харьковского горсовета ХІ и ХІІ созывов.1991—1995 гг. — заместитель начальника промышленного производства, главный инженер, первый заместитель Генерального директора Проектно-промышленного строительного объединения ХДСК-1.1995—1997 гг. — начальник главного управления (ГУ) градостроительства и архитектуры исполнительного комитета Харьковского городского совета.1997—1998 гг. — заместитель городского головы — начальник ГУ градостроительства и архитектуры исполкома Харьковского горсовета.1998—2005 гг. — первый заместитель городского головы по вопросам деятельности исполнительных органов Харьковского горсовета.1999 г. — защищает кандидатскую диссертацию по специальности 05.23.08 — технология промышленного и гражданского строительства.Назначен членом Межведомственной государственной комиссии по вопросам реформирования жилищно-коммунального хозяйства Украины.
С 2000 г. В. Н. Бабаев начал научно-преподавательскую деятельность в Харьковской национальной академии городского хозяйства (сегодня — Харьковский национальный университет городского хозяйства имени О. Н. Бекетова) в должности доцента кафедры градостроительства.Избран главой Харьковской областной федерации футбола.2002 г. — присвоено учёное звание доцента.
В 2003 г. — назначен членом Межведомственной рабочей группы по вопросам финансирования проектов местного развития без предоставления государственной гарантии, назначен членом коллегии Министерства строительства, архитектуры и жилищно-коммунального хозяйства Украины (позднее — Министерства регионального развития и строительства Украины).2004 г. — защищает докторскую диссертацию по специальности 25.00.04 — местное самоуправление.2005 г. — назначен на должность заведующего кафедры управления проектами в городском хозяйстве и строительстве Харьковской национальной академии городского хозяйства.2005—2011 гг. — первый заместитель главы Харьковской областной государственной администрации.Возглавлял Харьковскую областную комиссию по вопросам техногенно-экологической безопасности и чрезвычайных ситуаций.2010 г. — член Межведомственной комиссии по вопросам создания источника нейтронов.2011 г. — ректор Харьковского национального университета городского хозяйства имени О. Н. Бекетова.