Родился 22 февраля 1936 года в селе Янса-Турмыш Юдинского района Татарской АССР, ныне Республика Татарстан.Окончил Казанскую школу ВВС (1953) и Военно-воздушную инженерную академию им. Н. Е. Жуковского (1959).
С 1959 по 1986 годы служил инженером по авиационному вооружению авиационного полка и принимал участие в испытаниях авиационной техники и вооружения в НИИ ВВС им. В. П. Чкалова. За эти годы службы в Ахтубинске прошел путь от помощника ведущего инженера до заместителя начальника НИИ ВВС им. В. П. Чкалова по испытательно-методической и научно-исследовательской работе. Защитил кандидатскую диссертацию в 1969 году и докторскую в 1987 году.
С 1986 года был заместителем начальника вооружения и позже — начальником службы летных испытаний аппарата управления вооружения ВВС.
В 1992 году Аюпов был назначен заместителем командующего Военно-Воздушными Силами РФ по вооружению — главным инженером ВВС.
В 1989—1995 годах был заместителем Главнокомандующего ВВС по вооружению — начальником вооружения.
С 1996 года находится в отставке и занимается научной деятельностью.
В 1996—1998 годах был заместителем директора ФГУП ГНПЦ «Звезда-Стрела» .