Пруденсия Аяла родилась в городке Сонсакате в Сальвадоре 28 апреля 1885 года. Происходила из семьи коренных жителей Сальвадора, индейцев Аурелии Айялы и Висенте Чиефа.
В возрасте десяти лет, вместе с родителями, переехала в город Санта-Ана, где поступила в начальную школу профессора Марии Луизы Кристофине. Из-за отсутствия средств у семьи ей пришлось прервать обучение и заняться самообразованием.Освоила профессию швеи. Имела экстрасенсорные способности, «загадочные голоса» предсказывали через неё будущее. Благодаря этим способностям получила признание и известность среди коренных жителей Сальвадора. Однако у других жителей страны её признание вызвало обратную реакцию.Предсказания Пруденсии Аялы публиковались в газетах Санта-Аны, где её называли «Сантаанской сибиллой» .
В 1914 году она предсказала падение кайзера Германии и вступления США в Первую мировую войну.
С 1913 года её статьи стали появляться в «Диарио де Оссиденте» , газете, издававшейся в западном регионе Сальвадора.
В статьях Пруденсия Аяла выступала сторонницей антиимпериализма, феминизма и центральноамериканского синдикализма, выражала несогласие с вторжением США в Никарагуа.
В это время в различных периодических изданиях были опубликованы несколько её стихов.
В 1919 году была заключена в тюрьму за критику мэра сальвадорского городка в одной из своих колонок. Несколько месяцев провела в заключении в Гватемале, по обвинению в сотрудничестве с организаторами переворота.
В 1921 году опубликовала книгу «Эссибле. Приключения во время поездки в Гватемалу» , в которой подробно описала последние месяцы правления диктатора Мануэля Эстрады-Кабреры. Также были изданы её книги «Бессмертная, безумная любовь» (1925) и «Дымящее пятнышко» (1928).
В конце 1920-х годов основала и руководила изданием газеты «Женское искупление» , со страниц которой активно выступала в защиту гражданских прав женщин Сальвадора.
В 1930 году выдвинула свою кандидатуру на пост президента республики, хотя по сальвадорским законам женщины не могли участвовать в голосовании. Её программа включала: государственную поддержку профсоюзов, честность и прозрачность в государственном управлении, ограничение распределения и потребления спиртных напитков, уважение к свободе вероисповедания и признание внебрачных детей. Одним из сторонников Пруденсии Аялы был философ, педагог, писатель и депутат Альберто Масферрер. Однако Верховный суд отклонил её кандидатуру, но развернувшиеся по этому поводу дебаты в 1939 году привели к утверждению права женщин участвовать в голосовании.
В 1950 году это право было закреплено в Конституции, с одобрения президента Оскара Осорио.Пруденсия Аяла умерла 11 июля 1936 года в Сан-Сальвадоре. Нет свидетельств об её участии в крестьянском восстании 1932 года, но есть мнение, что она сотрудничала с повстанцами.
В центре Сан-Сальвадор, рядом с кафедральным собором, ей установлена мемориальная плита.
В марте 2009 года, по случаю Международного женского дня, в честь Пруденсии Аялы была поставлена пьеса «Во времена колдовства Пруденсии» .