Сергей Эдуардович родился 15 апреля 1950 года в Самарканде.
В 1973 году окончил лечебный факультет Первого Московского государственного медицинского университета имени И. М. Сеченова, с момента окончания которого устроился на работу в НИИ глазных болезней РАМН (с 2001 года — возглавляет его). Основным направлением научной деятельности Аветисова является офтальмология, в частности, офтальмохирургия, оптометрия, офтальмоэргономика. Является автором более 400 научных работ, учебников, монографий и справочников.Описал оригинальную методику хирургического лечения аметропий, разработал систему реабилитации детей с врожденными катарактами.