Марцис Аузиньш родился в 1956 году, окончил физмат ЛУ, учился в Пекинском университете и канадском Университете Западной Онтарио.
В 1992 году Аузиньш Марцис стал доцентом Латвийского университета, а в 1997-м — профессором.
С 1998 года является действительным членом Латвийской академии наук.
В 2007 году стал ректором Латвийского университета, в 2011 году его переизбрали на второй четырёхлетний срок.
В 2015 году стал заведующим кафедры экспериментальной физики физико-математического факультета Латвийского университета.