Согласно официальным данным, В. Х. Ауссем родился 14 июля 1882 года, в то же время в автобиографии он указывал, что родился в 1879 году в Орле в семье учителя. Брат Отто Ауссема (1875—1929), советского государственного и дипломатического деятеля.Окончил полный курс Орловского Бахтина кадетского корпуса (1891—1898), был выпущен на попечение родителей.
В 1899 году поступил в Харьковский технологический институт, где активно участвовал в социал-демократическом движении. Член РСДРП с 1901 года.
В марте 1901 года был арестован, затем (до 1904 года) пребывал в Германии, где окончил инженерно-химический факультет политехнического института в Брауншвейге. После возвращения в Россию работал в Подольской организации РСДРП, организовывал революционные группы на сахарных заводах, возглавлял забастовки в Подольской губернии.Во время Первой мировой войны — ополченец, но мобилизован не был по болезни. После Февральской революции 1917 года был избран членом Киевского совета солдатских депутатов; в июле-декабре 1917 года — заместитель председателя Совета рабочих и солдатских депутатов в Полтаве; с декабря 1917 года — член ВУЦИК (Всеукраинского центрального исполнительного комитета Советов).
В августе 1917 года вступил в партию большевиков.
В декабре 1917 — феврале 1918 гг. — народный секретарь финансов украинского советского правительства.
В феврале 1918 года, в условиях начавшейся немецкой оккупации, вместе с Г. Л. Пятаковым вышел из состава правительства и отправился на фронт. Летом-осенью 1918 года — член Всеукраинского центрального военно-революционного комитета (ВЦВРК), один из руководителей повстанческих советских отрядов в «нейтральной зоне» между УНР и Советской Россией. 22 сентября — 1 декабря 1918 года — командир Второй Украинской советской повстанческой дивизии.
С 1 декабря 1918 года — член Реввоенсовета и и. о. начальника штаба Украинской советской армии, командующий группы войск Харьковского направления Украинского фронта, 2-й Украинской советской армии.
В июне-октябре 1919 года — член Реввоенсовета 8-й советской армии.
В январе 1920 года был назначен помощником, затем заместителем начальника Регистрационного управления (разведки) Полевого штаба Реввоенсовета РСФСР. 16 февраля 1920 сообщил в приказе по Управлению, что «вступил в исполнение должности начальника Регистрационного управления» . Ближайшими помощниками Ауссема в Региструпре были его заместитель Д. Р. Ипполитов и начальник оперативного отдела А. П. Аппен. 10 июня 1920 года, недовольный действиями члена РВСР и РВС Юго-Западного фронта И. В. Сталина, отозвавшего в действующую армию начальника Региструпра Юго-Западного фронта Ф. М. Маркуса, Ауссем подал рапорт об отставке и 11 августа 1920 года был направлен в распоряжение члена РВСР Д. И. Курского.
В 1920—1921 гг. В. Х. Ауссем работал в ВСНХ, где занимался химической промышленностью, в 1921—1925 гг. — полномочный представитель УССР в Германии, в 1925—1926 гг. — председатель ВСНХ УССР, в 1926—1927 гг. — торговый представитель СССР в Турции.
В 1927 году был исключён из партии как «активный троцкист» . 16 мая 1929 года был арестован в Армавире и осуждён на 3 года ссылки, которую отбывал в Казахстане.
В ссылке вновь был арестован 30 октября 1930 года и в тот же день приговорён к ссылке в Среднюю Азию на оставшийся срок. 20 января 1933 года вновь был арестован и постановлением Коллегии ОГПУ от 4 февраля 1933 выслан на 3 года в Астрахань.
В 1936 году был освобождён.
В 1937 году пропал без вести в тайге (по другим данным, был расстрелян). Реабилитирован в 1989.