Марат Аубакиров родился 23 февраля 1952 года в Ташкенте.
В рядах Вооруженных Сил СССР с 1969 года. Окончил Ташкентское высшее общевойсковое командное училище (1973), Военную Академию бронетанковых войск РФ (1984). Служил командиром танк, взвода, роты, батальона.
В 1985 году назначен командиром 36-го мотострелкового ордена Суворова полка 9-й мотострелковой Краснодарской Краснознаменной орденов Кутузова и Красной Звезды дивизии имени Верховного Совета Грузинской ССР, с 1988 года — начальником учебного центра по подготовке младших командиров.
С 1996 года начальник оружейного и технического фонда Министерства обороны Республики Казахстан. Награждён орденом Красной Звезды.