В раннем детстве лишился родителей и воспитывался в детдоме. Хороший слух, которым он обладал, послужил поводом для перевода М. Атоева в Сталинабадский Дом одарённых детей. Здесь он учится играть на музыкальных инструментах.Затем продолжил учиться на отделении народных инструментов Сталинабадского музыкального училища (класс рубоба). После совершенствовал своё исполнительское и сочинительское мастерство в Ташкентской консерватории.
На VIII съезде Союза композиторов республики (декабрь, 1986) М. Атоев был избран заместителем председателя Союза композиторов Таджикистана.