Альгис Арлаускас родился 7 августа 1957 года в Москве. Отец — литовский коммунист и партийный деятель, мать — Кармен Пинедо, дочь испанского революционера, уроженка города Бильбао (Испания); в 1937 году вместе с двумя сёстрами была эвакуирована в СССР, работала в аппарате испанской компартии помощницей Долорес Ибаррури, позже переводчицей в испанской редакции еженедельной газеты «Московские новости» .Альгис в 1978 году окончил Театральный институт имени Бориса Щукина (курс А. Г. Бурова), в 1987 году — режиссёрский факультет ВГИКа (мастерская А. С. Кочеткова).
В 1978—1983 годах — актёр Московского ТЮЗа. Сыграл главные роли в нескольких спектаклях.
В 1991 году, вместе с женой — актрисой Мариной Шиманской, репатриировался на родину матери — в Бильбао, где ему предложили несколько режиссёрских проектов.
В браке имеет двух детей: дочь Ольга (род. 1981) — режиссёр, проживает в Москве, замужем за Никитой Тихоновым-Рау; сын Александр (род. 1990) — учится в Бильбао в Испании.
В Бильбао Арлаускас вместе с Шиманской основали небольшую школу, где готовят профессиональных актёров и сценаристов (Школа театрального и киноискусства «Анима» , www.animaeskola.com).
В 2016 году Альгис Арлаускас развёлся с Шиманской. Несмотря на это, они продолжают преподавать вместе.
С 2008 года возобновил работу в российских кинопроектах.