Бабкен Николаевич Аракелян окончил Ереванский государственный университет в 1938 году.
В 1941 — 1945 гг участвовал во Второй мировой войне. После войны работал в научным сотрудником в различных научных учреждениях, в 1954 году стал доцентом Ереванского государственного университета, в 1955 году профессором.
В 1968 году стал член-корреспондентом АН Армянской ССР, в 1974 году академиком.
С 1959 по 1990 год возглавлял Институт археологии и этнографии Армянской ССР.