Андреа Аппиани родился в Милане в семье доктора. Отец Андреа надеялся, что сын пойдёт по его стопам, но тот поступил в частную академию художника Карла Марии Джудичи, где два года (1783—1784) изучал рисунок и копировал гравюры. Затем Аппиани продолжил образование в классе фресковой живописи в миланской Академии Амброзиана под руководством Джорджо Антонио де Медичи. Совершил поездку во Флоренцию, познакомился там с работами Джулиано Трабаллези и Мартина Кноллера, и Болонью, где особое внимание обратил на произведения Доменикино. Изучал античную скульптуру и живопись Рафаэля и Менгса в Риме и Неаполе. Посетив Парму в 1795 году, познакомился с живописью Корреджо. Постоянно работал в Милане 1792 года.
В 1796 году Андреа Аппиани был назначен комиссаром по делам изобразительных искусств Цизальпинской республики.
В этой должности он руководил миланской Академией художеств и галереей Брера. Выполнял заказы Наполеона — писал портреты и аллегории, прославлявшие императора и его военачальников. Его произведения (1796) украшают купол Сент-Мэри-Селсу, в Милане и стены и потолки замка наместника эрцгерцога Фердинанда.