Окончил Бийское катехизаторное училище, затем учился в Московском синодальном училище церковного пения и Петербургской придворной певческой капелле. Преподавал пение и музыкальные дисциплины в учебных заведениях Томска, руководил церковным хором архиерейского кафедрального собора.Являлся членом Томского отделения Русского музыкального общества и Томского общества изучения Сибири, которым руководил исследователь Сибири, общественный деятель Г. Н. Потанин. Под влиянием Потанина занялся изучением культуры тюркских народов Южной Сибири.
В 1908—1909 гг. совершил экспедицию в Туву, Хакасию, Монголию и Горный Алтай.
В 1910—1912 и 1913—1914 гг. по поручению Российского комитета для изучения Средней и Восточной Азии собирал материалы по шаманству у алтайцев, кумандинцев, телеутов, шорцев. Экспедицию сопровождали художницы А. А. Воронина-Уткина и С. К. Просвиркина, которые выполнили сотни этнографических рисунков.
С 1918 года преподавал в школе в Чемале.
С 1921 года жил в Барнауле, где преподавал музыку и пение в школе им. III Интернационала. Среди его барнаульских воспитанников — Андрей Новиков.
С 1926 года жил на Алтае в Улале (ныне Горно-Алтайск) и преподавал в педагогическом училище.
С 1906 по 1931 гг. совершил многочисленные этнографические и фольклорные экспедиции по Южной Сибири, Монголии и Восточному Казахстану.
В 1923 году за исследования верований южных алтайцев Анохин избран членом-корреспондентом АН СССР.Умер в 1931 году. Похоронен в урочище Куюм под Элекмонаром.Архив учёного хранится в Музее антропологии и этнографии имени Петра Великого РАН.