Родился 15 декабря 1884 года в Харькове, в семье землевладельца нескольких еврейских земледельческих колоний Овсея Даниелевича Альперна.
В 1917 году окончил Императорский Харьковский университет; с 1919 года работал на кафедре патофизиологии Харьковского медицинского института и в 1929 году был назначен на должность заведующего кафедрой патологической физиологии этого института. Одновременно с этим руководил отделами патофизиологии Украинского психоневрологического института (1923—1954) и Украинского института экспериментальной медицины (1935—1941).Д. Е. Альперн являлся почётным членом Международного антиревматического общества и Аргентинской противоревматической лиги.Скончался 24 августа 1968 года в Харькове. Основные научные работы посвящены патофизиологии нервной системы и нейрогуморальной регуляции, вопросам патогенеза аллергических реакций. Им было установлено трофическое влияние нервной системы на проницаемость сосудов и тканей, роль медиаторов в нарушении рефлекторной деятельности нервной системы, в патогенезе воспаления и трофических язв (1928).
Он показал роль химических факторов и нервного возбуждения в патогенезе ряда заболеваний, установил десенсибилизирующее и противовоспалительное действие экстрактов гипофиза (1935), а также роль адениннуклеотидов в патогенезе воспаления (1951).Альперн создал многократно переиздававшийся учебник «Патологическая физиология» .Примечания Землевладельцы Российской империи и их имения 1870—1918 гг. Сравнительный анализ по фамилиям в населённых пунктах Харьковской губернии — области в XIX—XXIвв. Российская еврейская энциклопедия