Аллен учился в Гарвардском университете. Получив диплом, он читал лекции по зоологии в Гарварде и занимал должность куратора по млекопитающим в Музее сравнительной зоологии.
Он много путешествовал, побывал в Центральной и Южной Америке, в Западной Африке, на реке Нил, в Бельгийском Конго, Австралии.
Он был избран членом Американской академии искусств и наук в 1915 году.
Он был издателем журнала по орнитологии «The Auk» .Ушан Аллена (Idionycteris phyllotis) назван в честь учёного.