Али является потомком Фридриха Али, военнопленного турецкого происхождения, который с 1686 года служил при дворе прусского кайзера.Али окончил народную школу и гимназию, учась в Гейдельберге (1954—1956), Леонберге (1956—1962) и Мюнхене (1962—1967).
В 1967—1968 годах он учился в Немецкой школе журналистов (Мюнхен).
С 1968 по 1971 годы он изучал историю и политологию в Свободном университете Берлина. Дипломную работу защитил 21 декабря 1971 года.После университета работал директором приюта в районе Берлин-Шпандау.
В 1976 году за приверженность к идеям студенческого движения 1968 года на год был отстранён от должности. 13 июля 1978 года защитил докторскую диссертацию по специальности «политология» .
С конца 1970-ых был одним из основателей и первых сотрудников берлинской газеты Tageszeitung.
С 1997 по 2001 год был редактором газеты Berliner Zeitung, сотрудничал также с Frankfurter Allgemeine Zeitung.
В 1994 году габилитировался в Свободном университете Берлина.
С 2004 по 2006 год — приглашённый профессор междисциплинарных исследований Холокоста в Институте Фрица Бауэра.
В 2006 году по предложению федерального президента Германии Хорста Келлера на пять лет возглавил совет фонда Еврейского музея в Берлине. Главная тема исследований Али — история Холокоста. Али интересуют не столько идеологические обоснования нацистской политики в этой области, сколько её рациональные причины. Свои соображения он изложил в книге «Идейные предшественники уничтожения» («Vordenker der Vernichtung» ), написанной в соавторстве с Зузанною Хайм и опубликованной в 1991 году.
В книге проанализированы экономические и демографические причины Холокоста. Книга вызвала широкую научную дискуссию, материалы которой опубликованы в издании «Политика истребления» (Vernichtungspolitik, 1991).Труд Али «Окончательное решение еврейского вопроса» («Endlosung» , 1995), в котором были использованы ранее неопубликованные документы, а сам Холокост рассматривался как часть нацистской политики переселения, нашла положительную оценку научных кругов, в частности таких историков как Ганс Моммзенruen и Рауль Хильберг.
В 2005 году Али издал новую книгу «Народное государство Гитлера» («Hitlers Volksstaat» ), которая была воспринята неоднозначно. Али на основе статистических данных Третьего Рейха доказывал в этой работе, что Холокост был в первую очередь массовым убийством с целью ограбления.
На ограблении немецких и австрийских евреев нажились все слои немецкого общества. По его мнению, грабительское присвоение чужой собственности — начиная с заводов и фирм и кончая обычным домашним скарбом — это был один из основных мотивов поддержки широкими народными массами тоталитарно-террористического режима НСДАП.
С 2007 года Али был одним из издателей 16-томного корпуса источников о преследовании евреев в Германии во время нацистской диктатуры.
В издание входят как частные показания, так и официальные государственные и партийные документы. Издание финансируется Немецким научным сообществом.
С 2010 года Али отошел от этого проекта.Неоднозначно были восприняты заявления Али о том, что Махатма Ганди был другом нацистской Германии. Во время пресс-конференции в связи с дискуссионной выставкой «Третий мир во время Второй мировой войны» («Die Dritte Welt im Zweiten Weltkrieg» ) Али заявил о попытке организаторов выставки обойти тему сотрудничества с нацизмом в контексте третьего мира. Кроме того, Али приравнял изнасилования немецких женщин советскими солдатами к подобным эксцессам британских и французских оккупационных войск в юго-западной Германии. Против этого заявления Али выступил представитель британских ветеранов Деннис Гудвин в газете Дейли Телеграф.