Учился на юридическом факультете Коимбрского университета, отличился как активист студенческого самоуправления, начинающий поэт, участник драматического кружка и спортсмен.
В молодости был членом запрещённой Португальской коммунистической партии и выступал против фашистского режима Антониу Салазара. Был призван в армию, служил на Азорских островах и в Анголе, где некоторое время провёл в тюрьме Луанды за участие в попытке восстания военнослужащих.
С 1964 года — в эмиграции в Алжире, где работал на независимой радиостанции «Voz da Liberdade» (Голос свободы), вещавшей на португальском языке.Неделю спустя «революции гвоздик» 1974 года Алегре вернулся в Португалию. После возвращения вступил в Социалистическую партию, и с 1975 года постоянно избирается от неё в парламент.
В Социалистической партии считается представителем левого крыла — так, он голосовал против всех поправок, вносимых в конституцию 1976 года, провозглашавшую Португалию социалистической республикой.
В 2004 году участвовал в борьбе за лидерство в Социалистической партии, однако уступил Жозе Сократешу.
В 2006 г. баллотировался в качестве независимого кандидата на президентских выборах и собрал 1 138 297 (20,7 %) голосов. Мариу Суареш, которого официально поддержала Социалистическая партия, набрал только 785 355 (14,3 %) голосов, существенно уступив коллеге по партии.
В 2010 году Мануэл Алегре выставил свою кандидатуру на очередных президентских выборах.
На этот раз он баллотировался от Социалистической партии. Кроме того, его кандидатура была поддержана Левым блоком, а также Коммунистической партией португальских рабочих и Демократической партией Атлантики. По данным предвыборных опросов декабря 2010 года, рейтинг Алегре составлял, по разным оценкам, от 20,7 % до 30 %.
В октябре рейтинг Алегре составлял 22 %-33 %. Таким образом, он считался главным оппонентом действующего президента Португалии Анибала Каваку Силвы.
В результате, на выборах 23 января 2011 г. при крайне низкой явке (46,63 %) Каваку Силва был переизбран, а Мануэл Алегре пришёл вторым, получив 19,76 % голосов.Первая книга его стихов была издана в 1965 году; до 1974 года его произведения, издававшиеся за рубежом, были в Португалии под запретом и циркулировали в стране в качестве самиздата. Некоторые его стихотворения легли в основу песен. Интересно, что в ряде случаев стихи Алегре переложил на музыку известный исполнитель фаду Жуан Брага — в идейно-политическом отношении крайне правый непримиримый антикоммунист.Кавалер Большого креста и Ордена Свободы.
В 2005 г. в Коимбре в его честь был установлен памятник.