Родился в Ленинграде в семье физиков.
В 1982 году создал юношеский театр и поставил в нём несколько спектаклей.
В 1986 году поступил в Красноярский государственный институт искусств на театральный факультет («актёр драматического театра и кино» ) в мастерскую Леонида Калиновского.
В 1987 году мобилизован в армию на Дальнем Востоке в ракетные войска стратегического назначения. Создал там Театр Армии, поставил три спектакля.
В 1989 году вернулся из армии и закончил актёрский курс у профессора театрального училища им. Щукина Леонида Калиновского в 1992 году, поставил на курсе спектакль по Е. Шварцу «Тень» , где исполнил роль Тени.
В 1992—1993 годах снимался в кино у режиссёра В. Ахадова (снимался в фильмах «Личная жизнь королевы» и «Я обещала, я уйду» ) и полгода проработал в его театре в Магнитогорске.
В 1994—1995 годах перешёл в Челябинский академический драматический театр им. Цвиллинга.
В 1995 году приехал в Москву и поступил в РАТИ—ГИТИС, в мастерскую профессора Марка Захарова, которую окончил в 2000 году, получив режиссёрский диплом с отличием.
Он учился на одном курсе с Дмитрием Дюжевым, Олесей Железняк, Сергеем Фроловым, Екатериной Волковой и многими другими. Во время учёбы Алдонин поставил со своими однокурсниками спектакль «Мастер и Маргарита» , который после 50-ти успешных показов в самом ГИТИСе и на различных фестивалях был включён в постоянный репертуар театра имени Станиславского. После окончания ГИТИСа Сергей стал активно работать на телевидении. Сергей Алдонин стал главным режиссёром-постановщиком известной программы «Золотой граммофон» , а также главным режиссёром «Русского радио» . Сейчас Сергей продолжает параллельно с театром заниматься телевидением.
В данный момент он стал одним из ведущих режиссёров телеканала «СТС» , на котором он снимает сериал «Папины дочки» и развлекательно-юмористическую программу в стиле «импровизация» — «Слава Богу, ты пришёл!» .
В 2004 году совместно с А. С. Леньковым возглавил актёрский курс во ВГИКе (Всероссийский Государственный Университет Кинематографии им. С. А. Герасимова).
На этом курсе он вместе со своими студентами создал спектакль «Ромео&Джульетта» на основе снов и фантазий по известной пьесе У. Шекспира. Премьера этого спектакля состоялась в 2007 году на сцене Московского Драматического Театра им. Станиславского, когда его участники были ещё студентами. Такое на профессиональной сцене бывает достаточно редко. Спектакль идёт по сей день в Театре Станиславского, и выпускники его мастерской активно играют в других его спектаклях.