Учился в Высшей школе музыки в Кёльне с 1919 по 1924 годы, затем в Кёльнском Университете, который окончил в 1930 году.
В 1931 году защитил диссертацию о музыкальных формах XVII—XVIII веков (нем. Musikalische Formstrukturen im 17. und 18. Jahrhundert).
С 1927 по 1933 годы работал на Западногерманском радио в Кёльне в качестве музыкального критика.
С 1930 года писал критические статьи для газеты Kolner Stadtanzeiger, был редактором Kolnische Zeitung с 1935 по 1945 годы.После войны вернулся на радио, в 1948 году основал ночную музыкальную программу Musikalische Nachtprogramme, руководителем которой был до 1965 года. А в 1951 году основал первую студию электронной музыки, которой руководил до 1971 года.
С 1955 года в сотрудничестве со Штокхаузеном был редактором журнала Die Reihe[en], освещавшего тематику музыкального авангарда 1950—1960-х годов. c 1951 по 1957 читал лекции на Международных курсах новой музыки в Дармштадте.
В 1965 году назначен профессором Кёльнской ВМШ.Герберт Аймерт скончался 15 декабря 1972 года в Кёльне.