Карл Айгингер учился в Венском университете с 1966 по 1974 год, а затем — в Университете Пердью (Индиана, 1978).
С 1970 года он работает в Австрийском институте экономических исследований (WIFO). Айгингер состоит в должности профессора экономической политики в Венском университете экономики и бизнеса, а также — в Университете Йоханнеса Кеплера в Линце.
В 1991 году он был приглашённым профессором Массачусетского технологического института (MIT), а в 1997 — в Калифорнийском университете в Лос-Анджелесе.
В 2002 году Айгингер работал в качестве профессора в Стэнфордской высшей школе бизнеса (Калифорния), а также читал курс лекций в университете Чанши (Хунань, Китай).