Ахундов родился в 25 июля 1897 в селе Мискинджа, Самурского округа Дагестанской области. По национальности — лезгин.
На путь революционной деятельности встал ещё в период учёбы в Темирхан-Шуринском реальном училище, в котором была создана так называемая «демократическая группа» (куда так же входили будущие революционеры Гарун Саидов, Гамид Далгат, Тату Булач, Исмаилов и др.).
В 1915 году поступает в Новоалександрийский институт сельского хозяйства и лесоводства, где совместно с С-С Казбековым проводил агитационную работу среди студентов мусульман. Неоднократно подвергался арестам.После Февральской революции возвращается на родину, где становится одним из активных членов агитационно-просветительского бюро большевиков.
С 1919 года член Дагестанского обкома РКП(б).
С февраля 1920 года член Совета обороны и уполномоченный по Кайтаго-Табасаранскому округу, организатор партизанского отряда в борьбе против деникенцев и бичераховцев.
С марта 1920 года — член Дагревкома.
С мая 1920 года — заведующий Дагземотдела, а в 1921 году назначается наркомом земледелия ДАССР.
В 1921 году награждён Орденом Боевого Красного Знамени.
На посту наркома Ахундов большое внимание уделял переселению безземельных горцев на равнину, развитию орошаемого земледелия в Дагестане (стал одним из инициаторов строительства канала имени Октябрьской Революции) и прочего.
В 1928 году отправился на лечение в посёлок Абастумани, где и умер от паралича сердца 31 августа.