Фархан родился 9 января 1974 года в Бомбее в семье сценариста Джаведа Ахтара и его супруги Хани Ирани. Его старшая сестра — сценарист и режиссёр Зоя Ахтар[en]. Его родители развелись в течение первых дней его жизни, а в 1984 году отец женился на актрисе Шабане Азми, которая стала ему мачехой.Фархан начал карьеру с работы ассистентом режиссёра в фильме «Мгновения любви» [en] (1991), когда ему было 17 лет, а затем открыл агентство «Script Shop» , где провёл следующие 3 года.
Он также был ассистентом Панкаджа Парашара на съёмках Himalay Putra в 1997 годуВ 1999 году он открыл компанию Excel Entertainment Pvt. Ltd. вместе с Ритешем Видхвани.
В 2001 году состоялся его дебют в качестве режиссёра с фильмом «Желание сердца» [en], который получил позитивную оценку, завоевав множество наград, и имел коммерческий успех. Криик Зия ус Салам похвалила режиссуру Ахтара и прокомментировала для The Hindu: «В своем первом деле, сын Джаведа Ахтара показывает достаточно проблесков его родословной, которые служат признаком того, что посулы будут исполнены скорее рано, чем поздно» .
В 2004 году он снял фильм «Цель жизни» [en], о человеке который хотел добиться всего самостоятельно. Однако фильм провалился в прокате, став для его первым провалом в качестве режиссёра.
В 2006 году Ахтар выпустил фильм «Дон. Главарь мафии» , который являлся ремейком одноимённого фильма 1978 года и также как оригинал имел коммерческий успех в прокате Зрителям особо запомнились диалогиВ 2008 году состоялся его актёрский и певческий дебют в фильме «Играем рок!!» [en], в котором он исполнил пять песен, а также использовал свои навыки игры на гитаре, которые он совершенствовал с начала режиссёрской карьеры. Фильм имел коммерческий успех, а Ахтар получил Filmfare Award за лучшую дебютную мужскую роль.
В 2013 году он снялся в фильме «Беги, Милка, беги!» [en], где он сыграл бегуна-спринтера Милку Сингха. Ради роли он долго тренировался, изучил биографию самого Милки и отрастил бороду. Фильм имел коммерческий успех и принёс ему Filmfare Award за лучшую мужскую роль.
В 2015 году Фархан сыграл одну из ролей второго плана в фильме своей сестры «Пусть сердце бьется» [en], который имел коммерческий успех, и спел одну из песен к нему в дуэте с Приянкой ЧопройВ 2017 году он исполнил роль заключенного, готовившего групповой побег из тюрьмы и параллельно организовавшего музыкальную группу, в фильме Lucknow Central[en]. Фильм вышел 15 сентября, получил смешанные отзывы критиков и провалился в прокате