Родился в многодетной семье рабочих. Окончил Московскую консерваторию по классу тромбона и оперно-симфонического дирижирования.
В конце 1970-х годов играл в составе нескольких московских оркестров.
С 1982 года преподаёт в Алма-Атинской консерватории имени Курмангазы.
В 1990 году силами студентов консерватории организовал государственный духовой оркестр Республики Казахстан и стал его главным дирижёром. Вскоре этот оркестр получил международное признание и получил призы на фестивалях в Гавре и Бирмингеме.
С 1996 года Ахметов также исполняет обязанности старшего военного дирижёра — художественного руководителя Центрального военного оркестра Министерства обороны Казахстана. Имеет воинское звание подполковника.
С 2008 года Канат Ахметов — главный дирижёр симфонического оркестра Государственной филармонии Астаны. Несмотря на активную дирижёрскую деятельность, не оставляет он и инструментальное исполнительство. Некоторые произведения он исполняет на тромбоне, одновремнно дирижируя оркестром.Ахметов — автор нескольких сочинений для духового оркестра и для тромбона, а также ряда газетных и журнальных статей.
В 2002 году он получил звание профессора искусствоведения.
В 2007 награждён орденом Петра Великого.Канат Ахметов — вдовец, имеет троих детей. Исповедует ислам. Помимо казахского, Ахметов владеет русским, английским и немецким языками. Любит русскую и казахскую литературу.