Луис Агияр начал свою футбольную карьеру в клубе «Ливерпуль» из Монтевидео.
В основной команде «Ливерпуля» Луис дебютировал в возрасте 17 лет.
С 2003 по 2006 год Агияр провёл в чемпионате Уругвая 35 матчей и забил 3 гола.
В 2006 году Луис на правах аренды перешёл в чилийский «Универсидад» из Консепсьона, в котором забил 9 мячей в 31 матче. После возвращения в «Ливерпуль» Агияр в чемпионате Уругвая сезона 2006/07 провёл 15 матчей, в которых отличился двумя забитыми голами.
В том же году Агияр перешёл в португальский «Порту» ; спустя два месяца, не сыграв ни одного матча за «Порту» , Агияр был отдан в аренду амадорской «Эштреле» .
В январе 2008 года Луис был вновь отдан в аренду, в «Академику» из Коимбры.
В составе «Академики» 11 апреля 2008 года Луис отметился голом в ворота «Бенфики» , матч завершился победой «Академики» со счётом 3: 0.
В своём первом сезоне в чемпионате Португалии Агияр за «Эштрелу» и «Академику» провёл 18 матчей, забил 1 гол, отметился 6 голевыми передачами.
В июле 2008 года Агияр подписал контракт с клубом «Брага» ; имел предложения от ряда других клубов из Испании и Португалии.
В составе «Спортинга» Агияр забил 4 гола в 27 матчах чемпионата, также отдал шесть голевых передач.
В еврокубках Агиар вместе с клубом смог дойти до 1/8 финала Кубка УЕФА сезона 2008/09, в котором португальский клуб уступил в двухматчевом противостоянии французскому ПСЖ с общим счётом 1: 0.
В Кубке УЕФА 2008/2009 Агияр смог забить 6 мячей в 10 матчах, также отдав одну голевую передачу.1 июня 2009 года Луис подписал четырёхлетний контракт с московским «Динамо» , сумма трансфера составила 2,5 млн евро. Дебютировал за «Динамо» 2 августа в матче против «Химок» , отметившись голом.16 января 2010 года было сообщено о возвращении Агияра в «Спортинг» из Браги на правах аренды до конца мая 2010 года. 5 августа 2010 года игрок повторно отдан в годичную аренду в клуб из Браги без права последующего выкупа.
В начале 2011 года перешёл в «Пеньяроль» также на правах аренды.
В июле 2011 года игрок расторг контракт с «Динамо» и на правах свободного агента подписал контракт с лиссабонским «Спортингом» сроком на 4 года.После успешного сезона, проведённого в 2017 году в перуанской «Альянсе» , Агияр вернулся на родину, на этот раз присоединившись к «Насьоналю» . Дебютировал за «трёхцветных» 26 января 2018 года в матче за Суперкубок Уругвая против своей бывшей команды — «Пеньяроля» . Насьональ проиграл со счётом 1: 3.Старший брат Луиса Карлос — также профессиональный футболист.
Карта сайта
