Джон Агар родился в Чикаго, в семье упаковщика мяса Джона Агара-старшего и его жены Лилиан (урождённая Роджерс).
Он получил образование в подготовительной школе Тринити-Паулинг в Тринити, Гарвардской школе для мальчиков в Чикаго и академии Лейк-Форест в Иллинойсе. После смерти Джона Агара-старшего в 1942 году семья переехала из Чикаго в Лос-Анджелес. Во время Второй мировой войны служил в Военно-воздушных силах Армии США[en] на военной базе Марч-Филд в Риверсайде, Калифорния. Демобилизовался в 1946 году в звании сержанта.